Университет Гертнера (впрочем, под другим ещё названием) положил своё начало на землях Баварии, Германия, ещё в 1476-м году в виде школы архитектуры. Изначально школа была небольшой, но время меняло и увеличивало как страны, города, так и учебные заведения.

Школа росла и расширялась, её ученики тоже вносили свою лепту, проектируя новые корпуса для альма-матер. Процесс занял десятилетия и даже столетия, но школа архитектуры постепенно расширила сферу обучения на другие науки, стала принимать сотни и тысячи студентов одновременно, вырастая в университет.

Параллельно с этим в мире развивались Оксфорд, Кембридж, другие известные учебные заведения. Ашаффенбургский университет не поднимался до их уровня престижа и известности, но делал упор на качество образования, пронося это упорство сквозь года.

Будучи изначально мужским учебным заведением в силу спефицики направления и отсутствия равноправия полов в плане обучения по всему миру, университет постепенно перенёс это правило в устав. Во времени допуска женщин к классическому образованию (как среднему, так и высшему) университет не спешил раскрывать свои двери представительницам прекрасного пола, однако позже попытка расширить границы была предпринята. К сожалению, в тот конкретный момент она не увенчалась успехом. Девушек было не так много, у большинства из них не было должного уровня подготовки, многие уходили, не окончив полный курс. После этого заведение снова стало сугубо мужским, оставшихся представительниц прекрасного пола выпустили, и больше попыток расширить границы в плане полов не предпринималось.
В либеральной Германии, допустившей женщин до образования раньше других стран, Ашаффенбургский университет остался одним из немногих мужских учебных заведений и остаётся таким по сей день.

В девятнадцатом веке университет получил новое название — университет Гертнера, в честь архитектора Фридриха фон Гертнера, через несколько лет после его смерти. Однако тогда в ходу оставались оба названия.

В двадцатом веке университет пережил вторую мировую войну, не прерывая обучения студентов, но был достаточно сильно повреждён, после чего снова восстановлен. Строительство тоже шло параллельно с обучением. С тех пор университет окончательно перешёл на новое название — университет Гертнера.

В те же века увеличился приток иностранных студентов, однако большинство студенческих мест всё ещё оставалось за немцами. К настоящему моменту университет имеет множество преподавателей, несколько тысяч студентов и принимает иностранных студентов практически со всего света.